Bệnh viện Mắt Huế được thành lập vào tháng 5/2005 theo QĐ 2170/QĐ - UBND của UBND tỉnh Thừa Thiên Huế, trên cơ sở tách ra từ Khoa Mắt của Trung tâm Phòng chống bệnh xã hội tỉnh (tiền thân là Trạm Mắt tỉnh Thừa Thiên Huế). Bệnh viện ban đầu đóng trên địa bàn xã Phú Thượng huyện Phú Vang với 15 nhân viên trong đó có 7 bác sĩ thực hiện khoảng 200 ca mổ một năm. 

Kể từ tháng 4 năm 2012, bệnh viện Mắt Huế được xây dựng mới hiện đại với quy mô 90 giường trên khu đất rộng 12.000m2 tại khu quy hoạch Vĩ dạ 7, thành phố Huế. Đây là một trong những bệnh viện chuyên khoa Mắt có kiến trúc hiện đại với 3 khối nhà: 2 tầng, 3 tầng và 5 tầng, tổng diện tích sử dugnj hơn 6.000m2.

Bệnh Viện Mắt Huế ngày nay là bệnh viện hiện hạng II trực thuộc quản lí của Sở Y tế Huế, là một trong những bệnh viện mắt hàng đầu cả nước được trang bị hiện đại và đội ngũ cán bộ có trình độ chuyên môn cao được đào tạo bài bản trong và ngooài nước. Bệnh viện đặc biệt có ưu thế về chuyên khoa mắt trẻ em và là đơn vị điều trị tuyến cuối các bệnh mắt trẻ em trong khu vực. 

Hiện tại, bệnh viện có 78 nhân viên bao gồm 15 bác sĩ chuyên khoa mắt và 1 bác sĩ chuyên khoa gây mê, 26 điều dưỡng, 04 kĩ thuật viên, và 31 cán bộ y khoa khác, hàng năm khám cho hơn 45.000 lượt bệnh nhân và phẫu thuật từ 4.500 đến 5.000 ca.